Sbucciate le mele e tagliatele a pezzi molto piccoli (per me, circa 5 mm, ma se vi piace vanno bene anche più grandi). Fate fondere il burro in un tegame, unite le mele e lo zucchero muscobado (e la cannella o la scorza di limone, se li usate) e fate cuocere scoperto a fiamma dolce per 10-15 minuti, finchè i liquidi non si sono ritirati e le mele sono molto morbide. Trasferite in un contenitore pulito per far raffreddare.
Miscelate in una ciotola le farine, il lievito e il bicarbonato.
Mescolate in un'altra ciotola o in un boccale le uova leggermente sbattute, il latte, l'olio, lo yogurt e l'estratto di vaniglia.
Versate gli ingredienti liquidi in quelli secchi e mescolate poche volte con un cucchiaio. Unite le mele e mescolate anche brevemente.
Riempite 12 o 14 pirottini da muffin (dipende dalle dimensioni) con il composto, restando qualche mm sotto al bordo.
Infornate a 190 °C e dopo un minuto abbassate il forno a 180 °C. Cuocete per 20 minuti circa, facendo la prova stecchino per verificare la cottura.